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某天雨夜，苍天蓝羽拿着他买的安眠药从药店里出来，广田雅美死后苍天蓝羽陷入了深深的自责，自责他为什么没赶到现场，自责他为什么没能杀掉琴酒和伏特加，自责他为什么没能救下广田雅美……
深深的自责害得他精神出了大问题，特别是广田雅美被冤枉是运钞车劫案主要负责人，苍天蓝羽已经记不清楚他有多长时间没说过好觉了，可能一天，或者几天，每当他睡着都能看见广田雅美和他妹妹惨死在他面前。
目幕警官从柯南那里得知了苍天蓝羽消沉的原因后拍着胸脯保证他一定会洗清广田雅美的冤情，他希望自己的帮助能让苍天蓝羽振作起来，或者让他心情好受一点。
毛利兰替他给学校请了病假让他在家里休息，同时也时不时来到工藤宅安慰和照顾苍天蓝羽。
毛利小五郎改掉了平常的懒散，全力以赴的跟目幕警官调查案子，他希望自己的帮助能让苍天蓝羽的心情好受点。
柯南试着从苍天蓝羽套话，试着套出他把广田雅美埋在哪里了，但是他当提到广田雅美这个名字苍天蓝羽就会精神崩溃跪在地上嚎嚎大哭，嘴里一直在念对不起一类的词。
那之后认识苍天蓝羽的人都达成了一个共识：永远都不要当着苍天蓝羽的面提起广田雅美。
在药店里买好安眠药后苍天蓝羽来到停车场骑摩托车回家，在回家的途中，他看见一个让他感到很熟悉的小身影走在街道上……
几天后，帝丹小学
柯南一如既然来到学校，步美看见他来了后询问苍天蓝羽的情况“柯南，阿羽哥的情况怎么样了？”
“小兰姐姐告诉我阿羽哥的精神状况要比以前好很多了，至少没那么消沉了。”
光彦“阿羽哥能走出来就好。”
元太“毕竟雅美阿姨的死对他的打击实在是太大了。”
步美“好了，咱们就不提这些了吧，对了，你们听说了没有？听说从今天开始我们班又有一个转学生了。”
元太“是真的吗？”
光彦“自柯南之后就都没有转学生了，不知道他是怎么样的人呢？”
元太“是可爱的女孩就好了。”
光彦“不对不对，不管是男生还是女生，个性好不好这点最重要了。”
步美看向柯南“柯南。”
“嗯？”
“你觉得他会是个怎么样的人呢？”
“我看啊，搞不好又是一个死读书的书呆子哦。”
“这么说来你认为是男生了？”
元太看向步美“步美啊。”
“嗯？”
“你在老师办公室没看见这个人吗？”
“我只听到他的名字，他姓灰原哦。”
元太“灰原哦。”
步美“对啊，就是灰色的灰，草原的原。”
光彦“这个姓还真奇怪。”
很快老师带着转学生来到柯南所在的教室“是个女生耶。”
“好棒哦。”
“好可爱哦。”
“同学们快回到位置上。”
“好。”
柯南看着新来的转学生：只不过是个女孩子嘛，不过她为什么很像羽毛小时候的情书里面所描写的那个女孩呢？
老师在黑板上写下名字“好，这位就是从今天起要跟大家一起念书的灰原哀同学，希望大家要好好跟她相处哦。”
“好。”
“很好，大家回答得很有精神，灰原同学要坐在哪里呢？”
元太挥了挥手“老师，这里，我的旁边没有人坐。”
灰原哀穿过了元太，直接坐在柯南旁边的空位上“请多指教。”
“哦。”
元太回到座位上“什么嘛，摆着一张臭脸。”
光彦“她好冷淡哦”
步美“我想她一定是紧张了。”
老师拍了拍手“好了各位同学，我们要开始上课了。
下午放学时间，灰原哀一个人走在走廊上，步美和柯南四人出现在她身后“灰原同学，我们一起回去吧。”
灰原哀看了看步美后自顾自的往前走，元太走了过来“不要理她了，真是的，摆什么架子。”
“可是……”
光彦跑上前询问灰原哀“请问，你家在什么地方？你刚搬来对不对？”
步美跟着灰原哀“你不用客气，我们几个可以送你回家哦。”
“不用了，等段时间会有人来接我的。”灰原哀停下内心：不知道他起床没。
“那你家在哪里呢？”
“米花区二号街21号，那里就是我现在住的地方。”
“哦？”
元太看着柯南“怎么啦？”
“没什么。”柯南：奇怪了，她住在我家干嘛？难不成是老爸老妈身边的一个姓灰原的朋友把她寄放给小羽毛照顾？
灰原哀看了柯南一眼后走在前面。
在一楼换鞋子的时候柯南四人把少年侦探团的事告诉了灰原哀“少年侦探团？你说说你们吗？”
光彦点点头“对，我们为了解决大家请我们侦探办的各种案子，可是日夜都必须活动的哦。”
步美“灰原同学你也加入我们嘛。”
“江户川同学也加入了吗？”
“对啊。”元太摸了摸柯南的头“不过这个家伙应该可以说是我的手下啦。”
“苍天蓝羽呢？”
光彦说道“阿羽哥啊，阿羽哥没加入我们，不过他是我们的支援，只要我们需要帮助就能把他给叫过来。”
步美指向鞋柜“元太的鞋柜就是我们收信的地方。”
光彦“也就是说，大家都委托书都会丢到这个鞋柜里。”
元太“不过我们没有告诉老师哦。”
柯南：他早就知道了。
“每天都会有好多来信，都是要求我们帮忙解决谜题的。”
元太看了看鞋柜“奇怪，一封信也没有，平常都是满满的，今天大概是例外了。”
柯南：平常也都没有什么信啊。
“我们快点到公园里去踢足球吧。”
步美“好啊哈。”
光彦“这也不错。”
“等等我。”元太穿上鞋子后发现里面有东西。
“有了，是委托书耶。”
“好耶。”
光彦说道“要不要给阿羽哥打电话……”
柯南说道“算了吧，阿羽哥现在只是好转了，并没有完全恢复过来，就不叫他了，我估计又是什么找人找猫的委托吧。”
柯南想的没错，的确是帮委托人找他突然消失不见的哥哥，他天真的以为人很快就能找到了，结果没想到卷入一个印制和贩卖假钞的犯罪团伙，而且这个窝点就在警察局旁边，他还差点以为这个假钞团伙跟黑衣组织有关系。
同时在调查的时候柯南对灰原哀起了疑心，因为他发现灰原哀太反常了，根本就不像一个普通的小女孩，甚至目睹到了灰原哀拿着枪朝罪犯射击，心想她是不是来自于那个黑衣组织。
直到他看见目幕警官把灰原哀吓哭后柯南才明白他想多了：女孩子果然还是女孩子，赶紧把她送到小羽毛那里让他去头疼吧。
夜晚，柯南带着哭泣的灰原哀走在路上“不要再哭了，你家就在这附近吧？”
柯南看着哭泣的灰原哀：拜托，真的受不了啊，要是让小羽毛知道她被弄哭了的话一定会算在我的头上的。
柯南停下看着灰原哀“现在你可以自己回去了吧？”
“那我们明天见了？”
“明天学校见。”
灰原哀看着柯南“ATPX4869和残暴天使计划。”
“什么？”
“这两样你知道是什么吗？”
“一个是你吃的那种药的名字，另一个是你弟弟经历过的人体实验。”
“你在说什么啊？我才没有吃过那种药呢，而且我也没有弟弟啊。”
“是吗？这个药名和这个计划名字我是绝对不会弄错的，因为那是组织命令我……”
“由我亲自调制的药，以及见证残暴天使计划的实行。”
“组织？做药？人体实验？不会吧，你这个小孩呢做什么？”
“我跟你一样，我也吃了那种药，在细胞的自我破坏程式的偶发性作用之下使得神经组织之外的骨骼，肌肉，内脏，以至于毛发，所有的细胞都退化到成长过程的幼儿时期，这可是种神秘的毒药哦。”
“至于残暴天使计划，那是组织为了创造出听从他们指令的生物兵器而制定的计划，创造出与正常人无异的人形怪物。”
“他们刻在DNA里的生物程序一旦被启动，那就会变成一个谁都杀不死的人形兵器，最完美的实验体当然是零号病人，也就是你的弟弟苍天蓝羽。”
“因为组织发现了他在被启动后出现了自我进化，也就是说，在时间的推移下他会越来越强，变得更加嗜血。”
“灰原，难道说你是……”
“我不叫灰原。”
灰原哀看着柯南“雪莉，这才是我的密码名称，怎么样，没有想到吧？”
“工藤新一，就算零号病人把你藏得再深，你还是被我们给找到了。”
“那，这么说的话，你是那些黑衣人的同伙了？”
“现在没时间让你惊讶了糊涂大侦探。”
“什么？”
“我说过了，我现在住的地方就在米花区二号街二十一号。”
“对，我就住在你的老家里，跟你的弟弟零号病人住在一起，同时我也把你邻居的事也给上报了。”
柯南：难道说……小羽毛……还有博士。
柯南试着给苍天蓝羽和阿笠博士打电话后发现都没人来接电话。
灰原哀看着惊慌失措的柯南“没有用的，不管你怎么打都是没人接听的。”
“这是因为他们，一个不在这个世界上了，另一个则被组织的人给带走了。”
“你，灰原……你到底对他们做了什么！”
“博士和零号不在的话，你很困扰对不对啊？”
“你那个小小的电话，功率增强的运动鞋，这些全部都是阿笠博士给你做的对吧？还有那些案子的线索和情报，都是零号帮你找的对吧？”
“就因为有博士和零号的帮忙，身体即使缩小了还是能做少年侦探，也就是说，现在对工藤新一而言唯一的生命线就是阿笠博士和零号病人。”
“你就因为这样杀了他们？”
“你说呢？你要是担心他们的话就回去看看啊。”
“可恶！”灰原哀看着跑远的柯南。
柯南先来到工藤宅，拿出苍天蓝羽藏在外面的备用钥匙后走进屋子里检查，确定了房子里没人后来到车库，看见车库里的摩托车少了一辆后松了口气：原来小羽毛骑摩托车出去了，不过他为什么没骑那辆侉子，而是骑那辆川崎出去了呢？
来到苍天蓝羽的房间后柯南知道了苍天蓝羽为什么没接电话了：原来小羽毛把手机给落在家里了，难怪打不通，不过什么事才能让他急急忙忙的手机不带直接骑车出去了？
然后柯南来到阿笠博士家检查，刚开始他以为阿笠博士遭到了不测，直到他看见阿笠博士从厕所里走出来“奇怪，我好像听到新一的声音。”
“博士？”
“哎呀新一，你怎么来了？找我有什么事吗？”
“博士，你原来和羽毛没事啊。”
“我跟羽毛当然没什么事，怎么啦？”
阿笠博士给柯南解释了他为什么没接电话“真不好意思啊，是我最近刚好迷上了网上交谈，所以电话线才常常被占线的。”
“那羽毛啊？”
“小羽毛今天下午就出去了，说是骑车接人去了。”
“大概一个小时后他又回来了，我估计他应该是把你送回家后就回来了，半个小时后我看见他着急忙慌的骑着他的那辆黑色机车跑出去了，还听见他嘴里在念她不见了。”
灰原哀打开门走进阿笠博士家“博士，我暂时在你这里等他回来。”
“好小哀，小羽毛他还没回来啊？”
“对。”
“小羽毛给你找的学校怎么样啊？”
“过得蛮愉快的。”灰原哀坐在沙发上看书。
柯南看着灰原哀“原来我被这个小鬼给骗了，她是谁啊？”
“让小羽毛来给你解释吧，不过这天都黑了他怎么还没回来啊？我去打电话问问他。”
话音刚落阿笠博士听到摩托车进车库的声音“小羽毛回来了。”
“博士不好了！”苍天蓝羽闯进阿笠博士家。
“怎么了？”
“她不见了，她不见了！”
“谁不见了？”
“我老婆啊！我今天下午去学校接人，结果学校告诉我人早走了，我心想她应该回家了，结果我回到家一看人根本就没回来！”
“你一定要帮我啊博士！要是她出事了我怎么给死去的明美姐交代啊！她是我为数