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对于军方来说，攻打马尼拉的行动无异于一块诱人的大蛋糕，从国防部到基层的部队，凡是参与了此次行动的人员和集体，都能在战争结束之后或多或少地得到一些非常实惠的好处。国防部要的是执委会给予军方更多的资源和军费，以及政策上的倾斜；将领们要的是扩充手下部队的编制，提升装备水平和战斗力；基层军官们会得到升官发财的机会，普通士兵也会因为这次行动的最终胜利而获得丰厚的作战补贴。
不仅如此，在这场战争中为军方提供辅助的各种单位，比如安全部、海运部、医疗卫生、民政部门等等，在战后也都会得到相应的奖励。新近拿下马尼拉这么一处已经成型的殖民地，就意味着又有许多官职和岗位的空缺出现，这对很多人的职业生涯而言，都算是一个难得的升迁机会。
西班牙人在这里的经营比较粗放，总督府总揽全局，但下面的具体管理工作可就没有海汉社会那么详细的分工了，很多事情都是全部汇总到总督府由阿拉贡内斯一言而决。从某种程度上来说，他这个菲律宾总督可算是一个土皇帝了，统治权完全掌控在自己手中，日子可能要比国内的某些高官还过得更舒服一些。
不过这种统治方式的弊端也是显而易见，各个领域的工作安排自然是混乱不堪，效率极低，以至于西班牙在这里统治了大半个世纪，也仅仅只是开发了马尼拉城周边百里的范围，甚至都没能在马尼拉湾周边地区建设起第二座城市，仅有一些千人规模的市镇。就连甲米地港这种外国商人和移民聚集的贸易港区，常驻人口也不过才三四千人，远远比不了海汉在城市建设方面的进度和成就。
在海汉看来，西班牙人对马尼拉湾及周边地区的利用简直就是暴殄天物，巴石河以北的平原在后世可是著名的产粮区，而西班牙人对这些地区的开发缺乏长期的规划，完全就是任由移民自行操作，而极少有类似海汉种植园或是集体农场的操作模式。如果以海汉的模式，由农业部制定开发计划，那这几十年的时间足够在当地开垦出数百平方公里的农田了。
按照海汉的设想，马尼拉地区完全可以效仿三亚、高雄、石浦等地，在这里依托天然港湾建设一个海湾贸易区。只要附近区域的农业开发能够跟上城市发展的速度，供应足够养活城市人口的农产品，那么马尼拉湾在一段时期之后成为几十万人居住的大殖民区也是指日可待。
如果以马尼拉湾为中心，不但能够让海汉的海上影响力覆盖整个菲律宾群岛，而且可以串起浙江舟山定海港、台湾岛高雄港，吕宋岛马尼拉港这一条贯通南北的海上航线，为海汉下一步将海上疆域扩展到南方的加里曼丹岛，班达海、、帝汶海、所罗门海等海域作准备。
这样的长远规划，即便是西班牙这种海上强国也很难效仿，因为这必须要以掌握精确的海图为基础，而对于这个时代的航海家来说，茫茫无边的大海中有太多的不可知地带，要探索一片海域往往要花费数年甚至是数代人的时间。但对海汉航海家来说，掌握了海图就等于下棋占了大大的先手，探索陌生海域所需花费的时间要比这个时代的同行缩短了太多。
当然了，纸面上的规划要落实下来，所需做的工作仍然繁杂无比，要对马尼拉湾的开发进程进行海汉式的改造，要在这里投入的管理人员涉及多个领域，所需从海南岛等其他统治区抽调过来的人员至少数以百计。而这个调动工作，也不见得会比军方为此次行动备战时的大范围调动轻松多少。
在执委会正式委任新的行政长官之前，军方将代为行使这一区域的管理权。为此作战指挥部也在战后第五天摇身一变，成为了“马尼拉地区临管会”。
虽然以阿拉贡内斯为首的本地文武高官大部分已经落网，但海汉也不敢保证本地的民情就不会再出现反复，毕竟西班牙人在这里统治了好几十年，对本地民众而言海汉军是毫无疑问的侵略者，也说不定还会有一些人存有武力反抗的意图。所以虽然临管会已经公开宣布战争告一段落，但依然在马尼拉城内执行着严格的宵禁，以防有人暗中串联生事。
而临管会除了维持本地的治安之外，还有一项极为重要的任务便是分门别类地处理本地居民。生活马尼拉城及周边区域的民众主要分为三类，一是从欧洲来到这里的西班牙移民及其后代，二是归化并接受西班牙统治的本地土著和外来移民，三是外来的商人及家人随从。
从海汉维持统治的角度来说，第三类人的比例不大，危险程度也比较小，在查明身份，确定其立场倾向于新统治者，或者至少保持中立之后，便可以恢复其自由，去留自选也不是问题。
第二类人相对比较复杂，但只要是愿意留下来归化新统治者的民众，海汉这边都可以照单全收。至于想走的，按照海汉一贯的处理方式，那自然是得缴纳一笔费用才能重获自由，便是所谓的“买路钱”。
而第一类人不管是否对海汉采取了武力抵抗措施，几乎都进行了羁押。在海汉看来，这些西班牙移民的反抗意愿是最高的，必须要控制起来，直至将这些人统统逐出国境。而且其中那些身份显赫、有权有势的本地官员、富商等大人物，那更是需要上缴一笔价值不菲的赎身费才能重获自由。比如总督阿拉贡内斯所选择的赎身费，就是跟海汉军合作，将他所知的西班牙统治措施和民情数据和盘托出，这个代价不可谓不大了。
不管是属于哪一类，出于各种原因而自愿留在马尼拉城的民众
还是相当多，甚至一些货真价实的西班牙移民因为一直在这里生活，不愿因为这场战争就离开这里，宁可放弃自己的西班牙国籍也要留下来。当然了，对这些生在这里长在这里的西班牙人来说，地球另一面的“祖国”实在谈不上有什么归属感可言，不过只是一重限定发展的身份罢了。改变国籍，在他们看来也不算是什么大逆不道的举动，更何况新的统治者看起来实力要比西班牙殖民政府强出太多，或许抱紧这条大腿才是今后美好生活的开始。
但在海汉看来，仍然会有一种“非我族类其心必异”的顾忌，对于这些西方人并不是那么放心，只是要如何安顿这些人，今后又该怎样定位他们的社会地位，都是需要民政部门慢慢挠头去解决的问题。
而要对整个马尼拉地区的数万常住人口进行统计和调查，这无疑又是一项非常繁重的工作，只能是一边统计一边对已经分类，确认其处理方式的移民进行相应的操作。但由于参与前期调查统计工作的人手严重缺乏，登记资料往往并不细致，所以也会导致军方对这些移民的操作显得简单粗暴，期间所出的问题多如牛毛。
但海汉执委会也不是对马尼拉地区所面临的问题熟视无睹，陶东来等人当然知道要将当地完全托管给军方只能应急，而非长久之计，必须要有经验丰富的官员尽快去往该地，接管当地的民政事务才行。何况出征当地的部队大多都是海汉军中王牌，战争结束之后就需尽快回到各自的驻地，所以在海汉军出征的同时，海汉内部也在进行人事调整，为的便是要给这边新的疆域任命文武官员。
对马尼拉这种新占领的地区进行管理，官员必须要有一定的地方执政经验才行，而且要对南海的地理人文比较熟悉，能够很快地适应当地的环境。一番内部筛选之后，执委会为马尼拉所选定的行政长官是原海口地区负责人邱元。他在海口的表现有目共睹，执委会在与他本人进行沟通之后，邱元也希望能够有一个更大的发展平台来施展自己的政治抱负，于是便基本敲定了此事。
而邱元所腾出来的位子，则是由原本担任广东地区政商事务负责人的马力科接任。马力科是海汉第一批外派至大明统治区的官员，从驻崖办调任驻广办，数年间的工作业绩也堪称出色。不过也正是因为如此，他便一直都在广东地区负责跟当地官府打交道，而没有真正得到一个地方大员的职位来让他表现自己的施政能力。而当时与他同时调去驻崖办任职的邱元，如今却已经快了一步，已经接管了发展空间更大的新统治区。
而派去与邱元搭档的武官也是从广东调回来，原本在驻广办负责安保工作，如今是海汉驻广武官代表的萧良。之所以选中他作为邱元的搭档，主要是看中了萧良在广东期间主持了金盾护运的人员筛选和培训工作，并且执委会交给金盾护运的一些特殊任务，也是由萧良进行安排，期间可没少干在大明境内剿匪的差事。这些工作经历让萧良在治安战领域的实际操作经验非常丰富，正好适合处理马尼拉目前的治安状况。
这对搭档其实在海汉远征军出发之前就已经回到三亚会合，但因为有许多需要他们掌控的事务得在战前就做好准备，理清头绪，所以两人也并未随远征舰队一同出发，而是留在了三亚研究手头的资料，制定今后的施政方案。直到海汉军攻破马尼拉城，前线指挥部确定了战局不会再出现大的反复，三亚这边才派船将他俩及各个部门抽调的四十多名官员和专业人员送往马尼拉。
邱元与萧良一行人抵达马尼拉港，已经是在战事结束一周之后了，他们的到来对于仍然在这里驻留的将领们无疑是一大福音。这些天处理本地的各种民政事务，已经是让军方将领们焦头烂额，不胜其烦了，现在只需要将工作交接给新班子，自己就可以拍屁股走人了。
南海特战大队将直接返回星岛驻地，继续为海汉国守卫马六甲海峡航道的控制权。罗杰已经快要待不住了，巴不得立刻就拔营走人，回到自己的地盘上去。
哈鲁恭率领的骑兵营却是要返回北方，只有在宽阔的平原上，骑兵们才能有真正的用武之地，而且哈鲁恭认为锻炼骑兵的最好办法就是与另一支骑兵交战。目前能够满足他这个需求的对手，大概就只有远在辽东的后金了。
王汤姆的海军舰队则是要分为几路，各自回到原本的驻地。至于海军陆战队，王汤姆还是打算让他们与骑兵营同路返回北上，再到前线去接受一番实战锤炼。
而作为海汉军中王牌的特战营，大概会比较特殊一点，他们会回到三亚，享受一个短期休假。期间执委会可能会对这支屡屡立下大功的精锐进行非公开的检阅，然后便是论功行赏，包括高桥南在内的一大批军官都会得到相应的奖励。而特战营编制升为独立团，大约也就是在这个时候公布了。
至于之后的去向，国防部目前倒是还没有一个确定的说法，但如果按照钱天敦的意愿，他并不希望特战营继续回到北方战线上去跟后金作战。这是因为特战营的兵员大部分来自南方，到辽东半岛作战会让他们的战斗力大打折扣，而且当地的环境也的确是让特战营辛辛苦苦练就的热带地区战术根本就没法派上用场，只能凭借战术素养和武器优势硬顶着上，这并不是钱天敦乐于见到的景象。
关于此事他已经多次向国防部和执委会反映过，而这次回到南海作战，特战营所表现出来的战斗力和精神面貌正好充分证明了他的意见，想来之后对特战营的使用安排，应该也会考虑到这方面的因素了。