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除了地域之外，科举的门生座主也是结党重要的来源之一，所谓门生做主就是指科举考试中考官与中式考生间形成的师生关系，王锡爵认为，本朝的座主门生关系较前代更为盛行,至于有明,则遂公然谓之座师,谓之门生，此先代之所未有者也。
而在现在的大明政治中，处于主体地位的应是由会试、乡试产生的座主、门生关系,二者又以会试产生的座主、门生关系最受人重视”,同时座主包括“主考官和直接录取他的同考官，因为会试录取就等于中进士，殿试是不刷人之排名的，会试中式，就等于半只脚踏入了官场。
这种坐师分为大坐师和房师，所谓大坐师，就是主考官，座主存在“大座师”与“房师”两种不同类型,因此需要判断究竟哪一种座主更具有政治影响力,或者说哪一种座主门生关系更为密切。
从仕宦前途看,会试主考多由阁臣担任,位高权重,对新进士前途影响较大。但与此同时,大座师通常由阁臣及资深翰林充当,他们久历宦海、年龄较大,政治生命已接近终点,这意味着大座师难以对新进士产生长期政治影响。
而房师则不同，房师虽官阶尚低,但多为翰林、科道官员,年富力强、宦途光明,能与门生长期共事。从日常交往看,一科会试大座师名义上有三百名左右的门生,不可能均保持密切联系。而房师一科仅有门生二十名左右,且均是亲自取中,有知遇之恩,双方更有可能频繁往来。
王锡爵就说道：“主考于今三百进士皆其门生矣’,稍迁官则忘之,若不识面。于糊名易书,房师也，则终身称生焉,可谓惑矣。痛夫,今之俗,座主门生交相市利。师也者,师夫道也,今所云师,借利沽誉,大圣轨,韬实恶耻座主曰师。期利门生如手券,门生报事座主伛伛然、偲偲然,伪以礼起,利假公趋,真风徂而漓俗炽。”
这种结党确实是对于大明来说极为要命的事情，朋党之风是绝不可兴的，否则对于大明来说就是要破家亡国的，朱载坖也深知其中的危害。
他直接说道：“朕以为说者谓“座主复推座主,门生复及门生”,诚为笃论。相种无穷,时事可知矣。职尝读00宋史03,丞相贾似道、史弥远、韩侂胄越州相继,宋祚遂移。试观今日之端揆,宛似曩时之覆局,规随画一,授守坚凝,但求门户之无虞,不顾国家之有害。”
对于这些事情，朱载坖一向是极为敏感的，本朝的座主门生关系异常兴盛,座主类型更为细化,除以往的乡试、会试主考官外,天顺以后同考官也被视为座主,二者均可混称“座师”,为加区别,通常称主考官为“大座师”,同考官为“房师”。
这一新变化使以往简明的座主门生关系趋向复杂,进士的会试座主有两名主考官与一名同考官,而不同类型的座主对门生的影响势必不能等量齐观。朱载坖很清楚，随着这种关系的不断强化，党争必然加剧，房师成为各方划分派系的重要依据，这一科举纽带被引入党争话语体系后,各方政治势力均对此深信不疑,将之作为划分派系的依据。
而一旦党争成为派系斗争,官员们毫无选择的权利,便因房师或门生而被动地卷入党争当中,其本身的政治主张、能力强弱均已不再重要,朝政大局、国家利益也被置于一旁,朝廷的政治将会更加腐朽，这是会动摇国本的事情，王锡爵提出来，朱载坖自然是极为重视。
朱载坖说道：“以后内外大小各官俱宜恪守职掌,不许投拜门生，如揭榜后有仍前认作师生者,一并重处不贷。阁部即通行严饬内外各衙门,务令恪遵,永绝朋党之根。”
对于这些科举所衍生出来的师生关系，朱载坖自然是要予以严惩的，这些都是会亡国的事情，但是除了下旨严禁之外，还要采取各种措施予以限制，除了科举所滋生的朋党之外，还有就是地域所形成的这种政治派别，这些都是朱载坖索要严格予以限制的。
在现在的地域派系中，江西、南直、浙江三个省份是最为厉害的，浙江就是其中很有代表性的，南直虽然科举兴盛，在朝廷中的力量庞大，但是并不如浙江官员团结。
罗万化自然是很清楚其中的情况的，他对朱载坖说道：“陛下，国家以科第取士,士亦以科第取荣,自乡举、会试以暨廷对,皆以首擢为奇遇。而仕宦至宰辅,高年廑圣眷,此尤人情之至荣,今昔之希觏也。吾浙商文毅公辂三试居首,位臻宰辅,后致政居家者十年,而圣眷优渥。我明二百余年以来,一人而已。”
这种地域乡党其实是和科举制度紧密联系的，太祖当年所制定的规矩是：“治国之要,教化为先,教化之道,学校为本。今京师虽有太学,而天下学校未兴,宜令郡县皆立学,礼延师儒,教授生徒,以讲论圣道。”
由于地方学校的生员是本朝参加科举考试的主要人群,以此为契机,科举制度遂与生员籍贯紧密联系在一起。通过以上由本籍入官学和“科举必由学校”的制度,朝廷将士人的学习和举业严格控制在户籍所在地,以此便形成了由科举考试产生的籍贯观念和地方利益观念。
所以说王锡爵认为，朋党和科举其实是有很大的关系的，这种地域关系再加上日渐亲密的这种师生关系，就必然会形成朋党，这是现在朝廷最大的隐患。
浙江的士绅们常常夸耀：“国家疆理天下,尽取海内而藩省之,而复取吾浙以为之冠。盖以吾浙横地千里,统郡十有一,山川风物之美,衣冠礼乐之盛,其雄且秀也,往往足以称雄于天下焉耳。则世之宦达者,指此以为地望之最也。”
王锡爵认为，不管是南直、江西还是浙江，这种乡党和门生等关系，都是朝廷应该重点关注的。